בטיפול במוסיקה המטרות הן מוסיקליות ולא מוסיקליות ונקבעות ע"י מטפל מוסמך במוסיקה. המטרות יכולות להיות בתחום הרגשי-נפשי, התחום החברתי, תחום שפתי- תקשורתי, תחום מוטורי או תחום קוגנטיבי. ההבדל לעומת טיפולים אחרים (למשל קלינאי תקשורת, ריפוי בעיסוק, פסיכולוג) הוא בהתערבויות המוסיקליות המתבצעות ע"י מטפל מוסמך. הדרישות למטפל מוסמך במוסיקה הן תואר ראשון במקצוע טיפולי ו/או במוסיקה ולימודי תעודה/תואר שני בטיפול במוסיקה, יחד עם שעות התמחות והדרכה מקצועית (ניתן ואף רצוי לשאול את המטפל לגבי הכשרתו כמטפל במוסיקה).
בלימוד המוסיקה לעומת זאת, (בין אם זה בשיעורי ריתמוסיקה, נגינה, מקהלה, תזמורת או להקה) מלמדים את עקרונות המוסיקה, נגינה, שירה או תאוריה באמצעות מורה למוסיקה. הטיפול במוסיקה מקדם צמיחה והתפתחות של יכולות חברתיות, ביטוי עצמי, מיומנויות מוטוריות, יכולות אקדמיות וכו. הטיפול נעשה בתאום עם טיפולים נוספים באם יש וגורמים רלוונטים בביה"ס.
הטיפול במוסיקה הנו מכוון מטרה-אישית לכל מטופל. המטרות הטיפוליות שבות ונבדקות במהלך הזמן ומתעדכנות במידת הצורך. שלא כמו בחינוך מוסיקלי, המונחה לפי תכנית לימוד כיתתית/חוגית שנתית קבועה מראש.